鄧乾元，族名興坤，化名董清，１９０４年５月生于湖南省溆浦縣新坪鄉車頭村。
早在學生時代，鄧乾元就是一名社會活動的積極參與者。１９２２年秋，他從溆浦二區高小畢業，考入常德教會學校——雋德中學后，曾對英語很感興趣，希望將來當一名翻譯家。然而，常德蓬勃發展的學生運動更激起他的愛國熱情，他不顧學校當局的阻撓，隨省立第二師范社會主義青年團組織的宣傳隊到處宣傳，受到大家的歡迎。
１９２４年，鄧乾元加入中國社會主義青年團，并擔任雋德中學團支部書記。其間，他曾按照常德地方團委的決定，進行了一場動員雋德中學學生集體退學，以打擊帝國主義侵略勢力的斗爭。他帶領團員到同學家里逐一進行訪問，向家長們說明帝國主義利用宗教進行文化侵略的罪惡目的；并以常德學生聯合會的名義，請省學聯通知各地學校接受退出雋德中學的學生轉學，解除學生失學之憂。經過一個月的努力，一場集體退學的風暴在雋德中學興起，導致了這所教會學校的瓦解。
鄧乾元轉入湖南省高等工業學校學習期間，加入了中國共產黨。受中共湖南區委的派遣，他以省學聯的名義，率十余人前往常德，進行營救常德省立第二師范四名被捕黨團員學生的斗爭。在這四名學生將被常德法院以“過激黨”罪名處決的緊急關頭，他到處奔走呼吁，集會演講，散發傳單，造成了強大的社會輿論。接著，他用２００塊光洋聘請了一位有名的律師出庭辯護，對當局強加在四名同學頭上的罪名一一予以駁斥。法官理屈詞窮，只好宣布暫緩判決。不久，北伐軍賀龍部進入常德，這四名同學終于被營救出獄。
１９２６年冬，鄧乾元在離開湖南省高等工業學校后，曾去中國共產黨在武昌辦的兩湖黨校學習，然后以中共湖南區委特派員身份前往漢壽協助籌建和指導縣委的工作。他在協助縣委書記詹樂貧處理一場由土豪劣紳挑起的農民械斗中，顯示了鮮明的階級立場和出眾的指揮能力。原來，漢壽西南部地勢低洼，每逢汛期河水倒灌，１０多萬畝良田汪洋一片。過去，這里的群眾曾集資修筑滄港驛護堤，因遭到東北部的土豪郭爾豪的反對而未能實現。農民運動興起以后，農民在開展一系列的斗爭和減租減息、清理公產之后，想重新修筑堤垸，發展生產。鄧乾元了解這一情況后，當即指示農民協會組織勞力，修筑滄港驛護堤。這時，郭爾豪又糾集一伙土豪劣紳、流氓地痞，四處散布謠言，進行破壞；并打著“炮轟滄港驛護堤，保護東北鄉堤垸”的旗號，煽動千余不明真相的農民，手執器械包圍了漢壽縣城，揚言要殺死鄧乾元和詹樂貧。面對這一情況，鄧乾元一面部署工農武裝嚴陣以待，一面組織人員向城外群眾喊話，揭露土豪們的陰謀，勸告受騙的農民趕快回去。事實終于教育了農民，他們不再受騙上當，而是積極投入修筑堤垸的行列。沒多久，不僅一座造福民眾的驛護堤矗立起來了，而且連鴨子港的大障廢垸也修復了，使流落他鄉的數萬災民得以重返家園。
馬日事變后，鄧乾元只身來到長沙，幾經周折終于找到了湖南省委，被安排在省委組織部，負責黨團組織的秘密聯絡工作。這一期間，他和同在組織部工作的董彩云結了婚。受省委的派遣，他們夫婦一道去株州、醴陵一帶，組織工農武裝，準備秋收暴動。鄧乾元任醴陵縣委書記，董彩云則留在株洲工作。１９２７年９月初，毛澤東在安源張家灣召開會議，部署秋收暴動的計劃時，鄧乾元被任命為工農革命軍第一軍第一師第二團政委。這個團是由安源路礦工人糾察隊、礦警隊及萍鄉、醴陵、安源、蓮花等縣農民武裝組成的，團長是王新亞，任務是奪取萍鄉、醴陵，然后進逼長沙。
鄧乾元回到醴陵后，進行了緊張的準備工作，只用了三天時間，既逐區逐鄉傳達了省委的決定，又收集了一批武器，計梭鏢７００多支、駁殼槍７支、步槍３０多支、機槍一挺。他還摸清了敵軍在醴陵的駐防情況，有力地配合了工農革命軍第一師第二團的進攻，９月１２日一舉攻克了醴陵縣城。但這次暴動很快在敵人的重兵反撲下遭到失敗。
１９２８年春，鄧乾元被中共湖南省委派到井岡山，任前敵委員會秘書長。同年１２月，湘贛邊界特委改組，他調任特委書記。１９２９年初，在毛澤東、朱德率紅四軍主力挺進贛南期間，他帶領地方武裝，配合紅五軍，為保衛井岡山，同進犯的強敵進行了激烈的戰斗。但因寡不敵眾，井岡山失守。他在隨紅五軍撤離到遂州邊境時，不幸被沖散脫隊，只得轉回酃縣，堅持斗爭。
為了重整湘贛邊界黨的組織，鄧乾元于４月返回井岡山，與陳正人、朱昌偕、宛希先等取得聯系，召開特委擴大會議，恢復了特委的工作，組建了邊界紅軍獨立第一團。接著，他與特委常委著手各縣基層組織的恢復和整頓，在永新、蓮花、寧岡、酃縣、遂州、茶陵等縣相繼成立縣委和臨時縣委，黨員也從２０００人發展到５０００多人。他在領導邊界軍民堅持武裝斗爭的同時，還先后恢復了井岡山、九隴山兩個重要軍事根據地。５月初，當紅五軍奉前委命令重返湘贛邊界時，鄧乾元在湘贛邊界特委第四次執委擴大會上，作出了井岡山革命根據地的中心由寧岡轉到永新和分散開展游擊戰等重要決定，為以后井岡山根據地的不斷發展創造了條件。
８月，鄧乾元赴上海向黨中央匯報工作途中，在漢口向湖南省委寫了《湘贛邊界工作報告》，對井岡山這一時期工作的看法作了比較全面系統的闡述。這個報告除就邊界的建設、武裝斗爭、政權建設、土地革命等重要問題及其經驗教訓作了說明外，特別強調了黨的建設的重要性。他說：“如欲改造邊界黨走向布爾什維克的道路，其根本工作兩項：第一是加強黨的無產階級之意識領導，……第二是要嚴密黨的組織，認真執行黨的章程，對不按選舉程序參加支部會議、不繳納黨費及不努力工作者進行嚴格洗刷。”這就是說，要有一個有政治思想水平和嚴格紀律的黨，才能領導革命走上勝利的道路。
１９２９年１０月，鄧乾元在上海受黨中央的派遣，與柯慶施、石仲偉一道奔赴鄂西，尋找宜昌起義的部隊，然后將部隊編為工農革命軍第七軍，由他們三人組成紅七軍前敵委員會。但他們到了宜昌后，才知道起義部隊已經開往房縣，黨組織的秘密聯絡點又遭到破壞，只得返回武漢。中央軍委再委派他們組成武漢軍委，由柯慶施任書記，鄧乾元和石仲偉為委員，領導湖北、湘北、豫南地區的軍事組織工作。１１月，為了策應當時在國民黨獨立第五旅任排長的共產黨員程子華在大冶組織的起義，鄧乾元前往鄂東南同紅五軍第五縱隊取得聯系，并把部隊開到諱源湖東岸興隆鋪、曹家院一帶。１２月１４日晚，在程子華策動第五、第六兩個連的兵暴接應下，紅五縱隊一舉攻克大冶城。不久，鄧乾元被任命為紅五軍第五縱隊政治委員。１９３０年６月，紅五縱隊擴編為紅三軍團紅八軍后，又由他接替何長工任紅八軍政治委員。７月，紅五、紅八軍在軍團總指揮彭德懷的指揮下，一舉攻克湘北重鎮岳陽，切斷了長沙與武漢的水陸交通。但在平江召開的軍團前委擴大會議上，鄧乾元不贊成紅三軍團與湘鄂贛邊境地方武裝配合攻打長沙的意見，認為盡管當時形勢有利于革命的發展，但就全國政局而言，大革命失敗后所形成的敵強我弱的狀況并未發生根本的變化，攻打長沙是軍事上的冒險行動，是英雄式的拼命主義，不如在廣大農村深入開展土地革命，積蓄力量，積極為新的革命高潮的到來做好準備。鄧乾元的這些意見沒有被接受。長沙雖一度被攻克下來，但很快就遭到國民黨軍隊的瘋狂反撲，形勢逆轉。紅三軍團不得不退出長沙，轉戰瀏陽、平江一帶。
為了總結攻打長沙的經驗教訓，鄧乾元曾寫信給８月１５日在平江長壽街召開的紅三軍團黨代表大會，再一次闡述對當前形勢的看法。在信中，他首先肯定了攻打長沙、擴大紅軍等方面的成績，同時陳述了自己不贊成攻打長沙的種種理由，以及應該吸取的經驗教訓。他的這些意見不僅沒有得到重視，反而引起一些同志的誤解和不滿，因而受到撤銷紅八軍政委職務和令其脫離紅軍的處分。
１９３２年初，鄧乾元調瑞金中央軍事學校任教。１９３３年，鄧乾元被錯誤打成“ＡＢ團分子”，身心受到嚴重摧殘，在１９３４年長征前夕病逝。
１９４５年，中共七大為鄧乾元平反，追認其為革命烈士。
